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Die aktuellste Version des Toyota MR2 ist der so genannte W3 von 1999, welcher bis einschließlich 2007 gebaut wurde. Hier gibt es einen Reihen 4 Zylinder Motor auf Benzin Basis, mit 1,8 Litern Hubraum und um die 103 kW an Leistung. Das Gewicht wurde auf 1050 kg gegenüber dem Vorgänger W2 reduziert. Die Spitzengeschwindigkeit ist 201 km/h. Optisch hat sich hier auch einiges getan, so wurden zum Beispiel die Klappscheinwerfer durch ästhetischen Klar-Glas-Scheinwerfern ersetzt.
Die berühmteste Schwachstelle ist der Motor. Hier kommt es gelegentlich zu gerissenen und verbrannten Zylinderkopfdichtungen. Aber auch Motorplatzer, also wenn die Kolbenringe reissen oder die Ventile auf die Kolben schlagen, kommen mal vor. Am Chassis kann man verstellte Achsen feststellen was oft mit verschlissenen Querlenkern, Stabistangen und Achsbuchsen zusammen hängt. Folgeschäden sind einseitig abgefahrene Reifen und unsicheres Spurverhalten.
Speziell für den W3 MR2 kann man viele Teile schon recht erschwinglich online bekommen. Auch kann man Autoteile bei Toyota kaufen und in allen Werkstätten die Teile im Lager haben oder diese bestellen können. Auch Daparto bietet ein MR2 Teilesortiment. Hier findet man unter anderem Scheinwerfer, Fahrwerksteile und Zylinderkopfdichtungen.